A história da propriedade onde está Michelangelo é tão antiga quanto a da cidade fundada por Juan de Garay em 1580. Era composto por dois lotes que terminavam nas ravinas do Rio da Prata. O terreno acabou na posse dos frades dominicanos por volta de 1608. A paróquia de Santo Domingo, cuja entrada fica pela avenida Belgrano, fazia parte daquela propriedade.
Posteriormente, funcionou naquele local a chamada “Casa da Real Sede dos Ingleses”, local onde operavam traficantes de escravos daquela nacionalidade. Depois, em 1784, funcionou a antiga alfândega ou “Santo Domingo”, assim chamada pela proximidade com a igreja. Allí, durante las invasiones inglesas de 1806, los soldados heridos eran curados por los frailes en la botica del predio, y los fallecidos, enterrados en el pequeño cementerio que estaba ubicado junto a la huerta de la congregación, donde hoy se ubica el pasaje 5 De Julio.
Mais perto no tempo, o arquiteto inglês Edward Taylor construiu a nova alfândega -que levou seu sobrenome- na ravina, atrás do forte. Começou a erguê-lo em 1857, e foi inaugurado em 1885, hoje é Michelangelo, aquela propriedade correspondia à família Huergo. Assim, construíram o edifício quase como o vemos hoje: serviu de armazém e, mais tarde, de destilaria. A fachada, naquela época, estava cortada em 5 de julho. Ainda se conserva o imponente portão de madeira, elevado em relação ao nível da rua Balcarce. Ele também arrisca uma teoria: dizem que muitos corpos foram devolvidos à Inglaterra, mas alguns ossos ainda estavam aqui.
Entre os 609 objetos encontrados durante as escavações realizadas pelo arqueólogo Daniel Schavelzon e sua equipe, foram encontrados restos orgânicos, faíscas para disparo de armas de fogo, chaves, talheres, frascos de vinho e perfume, seringas e frascos de remédios, provavelmente ficaram ali desde então. Muitos destes objetos estão atualmente expostos no restaurante do edifício, tornando-o um notável sítio arqueológico.
O mesmo foi reconhecido pelo Legislativo de Buenos Aires em sua reabertura como um acontecimento histórico.
O edifício mudou várias vezes ao longo do século XX, até que a história de Michelangelo começou em 1967 como um emblema de portentidade com o seu logótipo dos três anéis, que permaneceu inalterado.
